Jednym z największych błędów popełnianych w projektach związanych z modelowaniem procesów biznesowych jest zapominanie o tym, że model procesu to model organizacji a nie tylko dokument, i o tym, że pomiędzy procesami a procedurami, umiejętnościami, instrukcjami obsługi narzędzi, jest granica. To się nazywa utrata panowania nad złożonością projektu. Kolejny problem to powszechne traktowanie notacji (np. BPMN) jako biblioteki symboli, co jest kluczowym błędem: notacja to model pojęciowy - podstawowe narzędzie analizy i modelowania.